חפרה בדיר אל-בלח, שם נחשפו מבצר כנעני-מצרי ומספר רב של ארונות קבורה דמויי אדם (אנתרופואידים), המוצגים בתצוגת הקבע במוזיאון ישראל בירושלים ובמוזיאון הכט שבאוניברסיטת חיפה.

פרופ' טרודה דותן ניהלה חפירות ארכיאולוגיות בישראל בכמה אתרים: תל חצור, עין גדי, דיר אל-בלח, תל מקנה (עקרון), וכן בקפריסין.

ניהלה את המרכז ע"ש פיליפ ומוריאל ברמן לארכיאולוגיה תנ"כית , שבאוניברסיטה העברית.