הספינה בתצוגה במבט מלמעלה

לאחר השלמת חפירתה של הספינה ואתרה, והוצאת כל הממצאים, פורק גוף העץ לחלקים, ואלה נשלו מן הים זה אחר זה על גבי מנשאים מיוחדים. הוצאו  כמה אלפי פריטים, במגוון גדלים, מסנטימטרים בודדים עד לשדרית, שאורכה 8.26 מ'.  

15 סוגי עצים זוהו בספינה ובאבזריה, אך רובם היו עשויים מאורן (ברוטיה).

העץ היה "רווי מים", כבד ממי הים, רך ושביר, אם כי היה יפה למראה. חלקי העץ הועברו לשימור במעבדה באוניברסיטת חיפה, שם מוינו והוטבלו בבריכות מי ברז לשטיפת המלחים. לאחר מכן הוחל בהכנסה הדרגתית של חומר השימור – polyethylene glycol (PEG) – אשר החליף את המים וחדר באיטיות אל תוך העץ. 

קצב הוספת ה־ PEG היה אחוז אחד (מנפח המכלים) לשבוע. טמפרטורת התמיסה הועלתה בהדרגה, עם עליית ריכוז חומר השימור, עד לטמפרטורה מרבית של 60 מעלות צלזיוס. לאחר שהעצים ספגו את ה־ PEG במידה הרצויה, נסתיים השימור והם הוצאו מן המכלים. ההוצאה הצריכה זהירות רבה ומיומנות. העץ היה כבד יותר, בגלל ה־ PEG, וחם מאוד. הוא נוגב מעודף חומר השימור במהירות כדי למנוע הידבקות למשטח שעליו הונח.
חלקי הלוחות שומרו שנתיים וחצי. החלקים העבים, ובהם החלק הגדול ביותר – בסיס התורן – שומרו שלוש שנים וחצי. השדרית טופלה בשני סוגי PEG בשני שלבים, ותהליך שימורה ארך ארבע שנים וחצי.
לאחר סיום השימור אוחסנו חלקי העץ בחדר ובו טמפרטורה של 30 מעלות ו־65 אחוזי לחות. בשלב הבא הם צוננו ל־24 מעלות בסביבה בה נשמרו 55 אחוזי לחות, תנאים הדומים לתנאי המוזיאון.
מידת ההתכווצות הנפחית הממוצעת של העץ היא 2.8%. לאחר הרכבת הספינה במוזיאון התברר שמידותיה דומות, בסטייה מרבית של סנטימטר אחד, למידות הממצא הארכיאולוגי המקורי.
יתרונות השימור ב־ PEG הם בפשטות התהליך ובהיותו הפיך. תכונה זו נוצלה הן ללימוד רכיבים פנימיים בספינה, והן בעת עיצובם של הלוחות בתהליך ההרכבה של הספינה. חסרונות השימור ב־ PEG הם: משקלו הרב של העץ המשומר, היותו שביר מאוד וצבעו הכהה. את הצבע אפשר לשפר, טיפול שמתוכנן להתבצע לאחר שהספינה תוצב על כנה הסופי.

צפו בסרטון: שיחזור הספינה, 2008