הספינה ממעגן מיכאל במוזיאון
לא ידוע מתי הפליג האדם בפעם הראשונה בים התיכון, אך נראה שהתרחשות זו אירעה לפני עשרות ואולי אף לפני מאות אלפי שנים, באמצעות גזעי עצים, או בדוברות קנים. כלי השיט העתיק ביותר, שנבנה מחלקי עצים, הידוע היום, הוא הספינה המלכותית של המלך פרעה חופו (2650 לפסה"נ), שחלקיה נמצאו בפירמידה בגיזה. 

הספינה נבנתה בשיטה המכוּנה "ציפוי קודם", שבה גוף הספינה, הציפוי, נבנה תחילה, וחיזוקי הרוחב הצלעות, הותקנו לאחר מכן.

חלקי הספינה של חופו חוברו זה לזה בכפיסי עץ, שהוכנסו למגרעות מתאימות בלוחות סמוכים ובחבלים. שיטת ה"ציפוי קודם" הייתה שנים רבות השיטה העיקרית לבניית כלי שיט. חיבור הלוחות נעשה באמצעות כפיסי עץ במגרעות, ואלה ננעלו במסמרי עץ. שרידי כלי השיט העתיק ביותר לשיט בים, שנבנה בשיטה זו, אותרו בדרום תורכיה סמוך לעיירה קאש, על יד אולו בורון (Ulu Burun). טרופת זו תוארכה לשלהי המאה הי"ד לפסה"נ.

הספינה ממעגן מיכאל נבנתה אף היא בשיטה זו. מערכת צפופה של כפיסים, 13 ס"מ זה מזה, חיברה את לוחות הגוף אל השדרית, אל מוטות הקצה, וכל לוח נוסף אל קודמו. אחד הממצאים המעניינים ביותר במבנה הספינה ממעגן מיכאל הוא השימוש ב"תפירה" לחיבור חלקיה ולחיזוקם. בחרטום ובירכתיים "נתפרו" כל חלקי הספינה בחבלים. ברכיבי העץ נקדחו חורים ודרכם לופף חבל עשוי מסיבי צמחים. ה"תפירה" העניקה לספינה משנה חוזק בחרטום ובירכתים, שהם האזורים הרגישים ביותר. שיטת חיבור זו, "תפירה", שימשה לבניית כלי שיט בכל התקופות, ומשמשת עד ימינו.
רק לאחר השלמת גוף הספינה הוכנסו חיזוקי הרוחב, הצלעות. הן חוברו אל לוחות הציפוי במסמרי נחושת, אשר הוכנסו מבחוץ, דרך הלוחות ודרך הצלעות, וכופפו על פני הצלעות בפנים הספינה.
שיטת הבנייה הזאת השתכללה: מערכת הצלעות צופפה, רכיבי העץ וחיבוריהם שופרו, וכך התאפשר בתקופה הרומית לבנות כלי שיט גדולים ומפוארים. 
במהלך האלף הראשון לסה"נ, עקב לחצים כלכליים, שונתה בהדרגה השיטה לבניית כלי השיט. ספינות נבנו בדרך זולה יותר, פשוטה יותר ונוחה לאחזקה, שהתבססה על צלעות – "צלעות תחילה"; או על שלד – "שלד קודם". בדרך זו נבנו כלי שיט עד ימינו, אם כי עדיין אפשר למצוא במקומות מסוימים בעולם כלי שיט שנבנים בשיטת "ציפוי קודם".