מוזיאון הכט, שבאוניברסיטת חיפה, נחנך בשנת 1984 ביוזמתו של ד״ר ראובן הכט ז״ל, מייסד ממגורות דגון בחיפה וממייסדי חבר הנאמנים של האוניברסיטה. גולת הכותרת של פעילותו למען האוניברסיטה, שבין היתר כללה הקמת קתדרה ע"ש ראובן הכט לציונות והיסטוריה, ואת הקמת מוסד הרצל לחקר הציונות ולימודה, הייתה הקמתו של המוזיאון. ד"ר הכט, שגילה כבר בימי נעוריו עניין בארכאולוגיה של ארץ־ישראל, שקד לאסוף במשך כשישים שנה פריטים ארכאולוגים, המייצגים את התרבות החומרית של ארץ־ישראל בתקופות הקדומות. במיוחד גילה עניין בממצאים שייצגו את התקופות שהייתה להן משמעות היסטורית בתולדות עם ישראל, הווה אומר למן התקופה הכנענית ועד לשלהי התקופה הביזנטית. ד"ר הכט שהצטיין בפעילותו הציונית, האמין שהארכאולוגיה היא אחד הביטויים החשובים של הציונות, וכי הממצאים הקדומים הם הוכחה לקשר בין העם היהודי לארץ־ישראל.

חלקו של אוסף הכט משולב בתצוגה הערוכה ברצף כרונולוגי החל מן התקופה הכלקוליתית ועד שלהי התקופה הביזנטית, וחלקו משולב בתצוגה הערוכה לפי נושאים ביניהם: מטבעות, חותמות, משקלות, תכשיטים, צעצועים, נרות שמן ושבעת המינים. בתצוגה זו ראויים לתשומת לב מיוחדת שני אוספים: האחד, אוסף מטבעות היהודים, והאחר הוא אוסף החותמות הכתובים מתקופת המקרא, שהוא מהאוספים הגדולים והחשובים בתחום זה. 

ד"ר הכט נפטר באפריל 1993. כשנתיים לפני פטירתו החל לגבש את תוכניתו להרחיב את המוזיאון. אוניברסיטת חיפה ומנהלי קרן הכט המשיכו ביוזמה זו, ובאוקטובר 1998 נחנך האגף החדש במוזיאון. תצוגות הקבע באגף החדש הן נושאיות ומבוססות הן על ממצאים מאוסף הכט והן על ממצאים שהושאלו מרשות העתיקות, ביניהם כאלה שהתגלו בחפירות שערכה אוניברסיטת חיפה. 

תערוכה המתמקדת בתרומתם של הפניקים לאדריכלות, ובמיוחד לטכנולוגיה של בניית נמלים, ומדגישה את עובדת היותם סוחרים יורדי־ים.

תערוכה המתמקדת בשבע מלאכות ותעשיות קדומות: חרושת המתכת, העץ, האבן, מלאכת הזכוכית, הפסיפס, מלאכת הכתב ומלאכת הרופא.

בתצוגה גוף הספינה בת 2400 השנים, העוגן ומטען הספינה.

בראשית שנת 1989 נחנך במוזיאון אגף לאמנות. באגף זה מוצגות בתצוגת הקבע יצירות מאוסף האמנות של משפחת הכט. האוסף מייצג זרמים חשובים באמנות החל מאמצע המאה התשע־עשרה, עם דגש על האימפרסיוניזם ועל עבודת אמנים יהודים מאסכולת פריז. בין היתר מוצגות עבודתיהם של ואן־גוך, מונה, פיסארו, סוטין ומודליאני. לכאורה אוסף האמנות הוא תחום יצירה הרחוק במרחב, בזמן ובתוכן מהאוסף הארכאולוגי, אך לא כך סבר ד"ר הכט, שראה גם באוסף האמנות, בדומה לאוסף הארכאולוגי, דרך להתחבר אל הרעיון הציוני. שתי התנועות, הציונות והאימפרסיוניזם, ציינו לדעתו סוף תקופה והתחלת תקופה, שתיהן היו מושרשות במסורת ובעבר והובילו לקראת העתיד.

האגף החדש כולל אודיטוריום מפואר, בעל איכויות אקוסטיות ייחודיות, ובו 380 מקומות ישיבה. באודיטוריום הותקן עוגב חלילים ששוחזר מחלקי עוגבים ששימשו במאה הקודמת בכנסיות בארץ. צלילי העוגב משקפים את המסורת, האיכות, עושר הגוונים והסגנון הרומנטי של עוגבים מהמאה הקודמת. העוגב נרכש בידי ד"ר הכט, לשם הצבתו באודיטוריום שתכנן לבנות, שכן בהיותו שוחר תרבות הוא קיווה שהאודיטוריום שיתווסף למוזיאון ישמש מרכז לאירועי תרבות, שיהווה השלמה לאווירה המיוחדת ולאופי המיוחד של המוזיאון המשלב ארכאולוגיה ואמנות.

מוזיאון הכט משמש מרכז לימוד ומחקר לסטודנטים ולסגל האקדמי ומרכז לימודים והעשרה בתחומי הארכאולוגיה, האמנות, המקרא וההיסטוריה לתלמידי בתי ספר, חיילים, גמלאים, מורים וגורמים נוספים בקהילה. המוזיאון עורך תחרות שנתית בתחומי האמנויות הפלסטיות, המיועדת לתלמידי תיכון במחוז הצפון, לחיילים וחיילות בכל רחבי הארץ, ולסטודנטים בחוג לאמנות יצירה באוניברסיטת חיפה. קרן הכט מעניקה מלגות לזוכים בתחרות וכן מעניקה הקרן מלגות לסטודנטים לתואר שני ולדוקטורנטים הלומדים באוניברסיטת חיפה בחוגים: ארכאולוגיה, ציוויליזציות ימיות, לימודי ארץ־ישראל, תולדות עם ישראל, מקרא ותולדות האמנות.

המוזיאון מקיים כנסים, ימי עיון, השתלמויות והרצאות, מוציא לאור קטלוגים לתערוכות בארכאולוגיה ואמנות, ואת כתב־העת 'מכמנים', המיועד למחקרים בארכאולוגיה ולפרסום חפצים מאוסף המוזיאון.